Добрый день.
Даже если Вы пользовались освобождением от ведения бухучете в полном объеме (что само по себе сомнительно!), то учет ОС и НМА Вы были обязаны вести, как положено.
На это было указано в п. 3 ст. 4 Федерального закона от 21.11.1996 N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете".
Вот что там было написано:
Цитата:3. Организации, перешедшие на упрощенную систему налогообложения, освобождаются от обязанности ведения бухгалтерского учета, если иное не предусмотрено настоящим пунктом.Организации и индивидуальные предприниматели, применяющие упрощенную систему налогообложения, ведут учет доходов и расходов в порядке, установленном главой 26.2 Налогового кодекса Российской Федерации.Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, ведут учет основных средств и нематериальных активов в порядке, предусмотренном законодательством Российской Федерации о бухгалтерском учете.
Ключевые слова я выделил.
В общем, нужно было принять НМА к учету - причем не с 1 января 2013 года, а с фактического получения права на созданное ПО. И с этого же момента начислять амортизацию.
Разумеется, стоимость нужно было определить по фактически осуществленным расходам.
Ну а по поводу документального оформления - милости просим в новую тему.